Os Objetivos específicos do Parque Marinho é preservar o ecossistema; proteger a tartaruga Aruanã; garantir a reprodução e o crescimento do Golfinho-rotator e proteger os corais da região.
Logo após o descobrimento em 1503, por Américo Vespúcio, vários impactos negativos aconteceram no Parque, como o desmatamento de mais ou menos 95% da vegetação original, a introdução de animais e plantas, lixo, animais domésticos soltos na ilha, caça, pesca, entre outros.
A vegetação das ilhas incluem a Floresta Atlântica, a Caatinga, o Pinheiral e a Restinga. A vegetação é principalmente de arbustiva a herbácea com muitas invasoras. Já a vegetação marinha, se comparada a outras brasileiras é pobre em diversidade.
A avifauna é rica e algumas espécies são migratórias ou 
visitantes. Quanto a fauna marinha, há registros de corais e hidrocorais variados.
Na principal ilha houve ocupação desordenada, retirada de lenha, introdução de fauna e flora exóticas, construção de açudes, aeroportos e estradas, exploração de uma pedreira e destruição quase total do único manguezal do arquipélago.
A unidade de conservação é fundamental para proteção da beleza cênica do arquipélago, da avifauna, da fauna marinha e especificamente de tartarugas, golfinhos e corais e não possui acordos de parceria.
Originadas de processos vulcânicos relativamente modernos, essas ilhas constituem importantes picos da dorsal mediana do 
Atlântico, uma cadeia de montanhas submersas que divide ao meio o Oceano Atlântico e se alonga da Antártida até o Ártico, numa extensão de mais de 15 mil quilômetros.
O arquipélago de Fernando de Noronha é formado por seis ilhas maiores Fernando de Noronha, Rata, Maio, Lucena, Sela Gineta e Rasa além de catorze rochedos praticamente inacessíveis. A única ilha habitada é a de Fernando de Noronha, a maior de todas, mas, mesmo aí, não há na área cursos d’água perenes apenas riachos, como o Boldró, Maceió e Molungu. que secam todos os anos na época da estiagem.
Sob as águas cristalinas e profundas do Oceano Atlântico, um verdadeiro paraíso submarino se apresenta na forma de extensos recifes de corais, onde as lagostas encontram proteção para desovar. A abundância de crustáceos é 
acompanhada por cardumes de golfinhos, em permanente e alegre evolução, e grande variedade de tubarões e outros peixes de grande porte. Com eles convivem em harmonia cardumes de peixinhos coloridos, como os cocorocas, sargentinhos e frades-reais.
De janeiro a maio, a tartaruga-marinha desova em algumas praias de Fernando de Noronha, enquanto na baía dos Golfinhos esses cetáceos podem ser vistos na maior parte do dia, durante o ano todo. Ali, eles acasalam, criam os filhotes e executam seu balé aquático. As aves estão representadas pela viuvinha-branca, toda branca com exceção dos olhos, patas e bico, que são negros, viuvinha-preta, fragata e o elegante rabo-de-junco.
Outro espetáculo é o vôo do pequeno sebito, que habita apenas as áreas arborizadas da Ilha, e nenhum outro lugar do mundo.
Fonte: www.portalsaofrancisco.com.br e www.brasilturismo.com